المتحف الذي صار تابعا للمؤسسة الوطنية للمتاحف أصبح جزءا من سياسة المتاحف الموضوعاتية التي جعلته متخصصا في جانب التراث الإسلامي، أو تراث العهد الإسلامي، في المغرب خاصة، بعدما اعتمدت بجارة فاس، مكناس، متحفا وطنيا للموسيقى، وبالرباط متحفا وطنيا للفوتوغرافيا، وآخرين للحي وللفنون الحديثة والمعاصرة، وبآسفي متحفا للخزف، وبطنجة متحفا للثقافات المتوسطية وآخر للأعمال الاستشراقية، ومتاحف أخرى.
“متحف الفنون الإسلامية” يسعى، وفق تقديمه، إلى “تعريف الزوار بالتراث الثقافي والتاريخي والفني للمغرب” عن طريق “مجموعة كبيرة من القطع الأثرية والإثنوغرافية، تغطي فترة زمنية تمتد من حضارات ما قبل الإسلام إلى العصر الحديث”، قصد “إبراز ثراء ونبوغ الفن المغربي الإسلامي المتجذر، وتنوع التأثيرات الثقافية المختلفة التي صاغت هوية المغرب”.